Fullprof模塊簡(jiǎn)介及精修相關(guān)問(wèn)題
發(fā)布時(shí)間:2021-04-16 來(lái)源:北達(dá)燕園微構(gòu)分析測(cè)試中心
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一、Fullprof新功能簡(jiǎn)述
Fullprof幾乎每年都會(huì)進(jìn)行更新,每個(gè)版本更新以及修改都可以在“FullProf_News_Year”中找到。最新的是在2020年5月更新的版本,全平臺(tái)支持,且加入了很多新功能。這里就其一些新功能進(jìn)行說(shuō)明。
1、PDF擬合
新版本基于F語(yǔ)言,加入了PDF擬合模塊(以前就有,該版本特別說(shuō)明)。依據(jù)CIF文件提前編寫(xiě)好cfl文件,再調(diào)用終端窗口進(jìn)行運(yùn)行即可。這里只給出運(yùn)行的范例,對(duì)該功能與PDFget等的數(shù)據(jù)處理結(jié)果不進(jìn)行對(duì)比,有需要的小伙伴可以自己進(jìn)行分析比較。用于擬合的cfl文件有簡(jiǎn)單的參考模板,可依據(jù)進(jìn)行學(xué)習(xí)。
2、層狀材料精修
Fullprof集成了FAULTS程序,該程序可用來(lái)計(jì)算缺陷層狀晶體的衍射強(qiáng)度。該工具已被廣泛用于解釋一維無(wú)序系統(tǒng)的衍射數(shù)據(jù),其算法利用在隨機(jī)堆疊序列中發(fā)現(xiàn)的模式的遞歸性質(zhì)來(lái)計(jì)算發(fā)生在每個(gè)層散射的平均擾動(dòng)波函數(shù)。使用該軟件可以很好的對(duì)LixNi1:02O2 (x ≤0.3) ,設(shè)置精修時(shí),直接設(shè)定每層的原子位置,精修結(jié)果如圖所示。
3、GLOpSAnn(Global Optimization by Simulated Annealing)
二、問(wèn)題講解
Fullprof作為一款免費(fèi)的晶體學(xué)軟件,其重要的功能便是粉末衍射精修,然而該軟件上手難,參考資料少,使用過(guò)程中總出現(xiàn)其特有的或是精修共有的一些問(wèn)題,這里收集了部分后臺(tái)留言問(wèn)題,根據(jù)個(gè)人經(jīng)驗(yàn)進(jìn)行解答分析,不當(dāng)之處請(qǐng)指正。
問(wèn)題1、峰型不對(duì)稱性如何修正?修正參數(shù)和GSAS的有何區(qū)別?
解釋:目前使用Fullprof進(jìn)行粉末衍射精修,X射線衍射峰描述使用的是經(jīng)驗(yàn)性的峰型函數(shù)“pseudo-Voigt”或者“Pearson VII”。該函數(shù)是不具備非對(duì)稱性的,非對(duì)稱性修正采用的是如下公式:
方法1:如果使用的是“pseudo-Voigt”函數(shù),需要在pcr文件中AsyLim給定非對(duì)稱角度,代表修正低于給定角度的非對(duì)稱性。比如:AsyLim 40,即代表:修正40°以下的非對(duì)稱性。
此時(shí),可修正的參數(shù)為 P1, P2, P3, P4。
修正前:
修正后:
方法2:當(dāng)然,大家可能發(fā)現(xiàn)在GSAS中修正參數(shù)常見(jiàn)的是S/D,其實(shí)這是使用另外一種峰型函數(shù)?!?strong>Thompson-Cox-Hastings pseudo-Voigt convoluted with axial divergence asymmetry”,當(dāng)使用該函數(shù)描述峰型時(shí),修正的參數(shù)即為S_L, D_L。對(duì)兩個(gè)參數(shù)的定義如下:S_L is source width/detector distance;D_L is detector width/detector distance。在軟件界面修正位置如下:
問(wèn)題2、描述衍射峰型的參數(shù)U、V、W以及Eta等應(yīng)該怎么選?
解答:峰型描述是粉末精修中的一個(gè)難點(diǎn)。峰型擬合的好壞直接影響精修結(jié)果,且峰型含有諸多信息。這里我們以經(jīng)驗(yàn) “pV”函數(shù)為例進(jìn)行說(shuō)明。
“pV”函數(shù)表達(dá)式如下:
pV = ηL(x) (1-η)G(x)
方法:精修默認(rèn)初始值U = 0.004,V = -0.008,W = 0.006,Eta = 0, x = 0.018;這一系列數(shù)值是不能很好的描述常見(jiàn)的X衍射峰型的,因此對(duì)初始精修造成了一些困難,如果我們?cè)诰拗熬椭来笾碌姆逍蛥?shù),再去精修,事情就會(huì)變得簡(jiǎn)單多了。Fullprof中的WinPLOTR可以實(shí)現(xiàn)我們的想法,具體操作如下:
1. 打開(kāi)WinPLOTR,打開(kāi)要精修的數(shù)據(jù);
2. “Points Selection”——“Peak search”,選擇doublets;
3. “Calculations”——“Profile fitting”。進(jìn)行峰型擬合,運(yùn)行結(jié)束后如圖所示,此時(shí),擬合結(jié)果一般,繼續(xù)擬合;
4. 峰型擬合一般,返回工作目錄下,打開(kāi).NEW文件,將“U、W、Eta”的Flag進(jìn)行修改,隨后進(jìn)行如下步驟:“Calculations”——“Fit with.NEW”,選擇修改后的.NEW文件,隨后選擇數(shù)據(jù)文件,運(yùn)行結(jié)果如下:此時(shí),chi2 = 13.21;
5. 重復(fù)第四步,將“U、W、Eta、Bac.、以及FWHM”的Flag進(jìn)行修改,經(jīng)過(guò)多次循環(huán),最終chi2 = 3.94,擬合結(jié)果如下圖所示,同時(shí),峰型描述的初始值我們已經(jīng)得到,打開(kāi).NEW文件,找到U、V、W等參數(shù),將該參數(shù)作為精修的初始參數(shù)即可。
問(wèn)題3、精修后數(shù)據(jù)如何導(dǎo)出?怎么作圖?
回答:這一步雖然不難,但是對(duì)于新手也算是一個(gè)盲點(diǎn)。精修完成后需要將數(shù)據(jù)進(jìn)行輸出作圖,誰(shuí)不喜歡原創(chuàng)呢,誰(shuí)愿意截圖,涉及到的軟件為Origin。
1. 精修完成之后,去精修目錄找到.prf文件,使用WinPLOTR打開(kāi),打開(kāi)如下,默認(rèn)顯示四種數(shù)據(jù),紅色框內(nèi)所示;
2. “File”——“Save data as”,選擇XYY格式,保存;
3. 將數(shù)據(jù)導(dǎo)入Origin,如下:
4. 全選所有數(shù)據(jù),作圖使用“Line”模式,如下:
5. 選中圖形,右鍵“Ungroup”,將每個(gè)數(shù)據(jù)進(jìn)行區(qū)分;然后雙擊數(shù)據(jù)線進(jìn)行格式修改;
6. Yobs選中Scatter,顏色和樣式依據(jù)個(gè)人喜好,這里我選擇的是紅色圓圈;
7. 其余的Ycalc和Yobs-Ycalc都是line模式,顏色我這里選擇的分別是黑色和藍(lán)色;
8. Bragg_position,選擇Scatter,下拉選擇“小豎線”,修改顏色和粗細(xì)即可;修改后結(jié)果如下:
9. 最后調(diào)整一下字體,邊框粗細(xì)和坐標(biāo)范圍即可,最終結(jié)果如下;
10. 為了便于作圖,可將該圖形保存為模板,下次作圖一鍵使用模板即可,方便快捷。
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