含氟化合物在結(jié)構(gòu)上可以有很大差異，因此很難概括出氟化物的一般毒性。氟化物的毒性與其反應(yīng)活性和結(jié)構(gòu)有關(guān)，對鹽而言，則是離解出氟離子的能力。
可溶的氟化物，例如最常見的NaF，具有適度的毒性，但已有與急性中毒有關(guān)聯(lián)的事故及自殺個案被報道出來。盡管最小致死劑量尚不清楚，已經(jīng)有報道稱4g NaF對一個成年人足以致命。少至0.2g的氟硅酸鈉（Na2SiF6）及其含氟更多的化合物可以致死，時間約為5-12小時。其致毒機(jī)理為，氟離子會與血液中的鈣離子結(jié)合，生成不溶的氟化鈣，從而進(jìn)一步造成低血鈣癥。由于鈣對神經(jīng)系統(tǒng)至關(guān)重要，其濃度的降低可以是致命的。相應(yīng)的治療則包括用稀氫氧化鈣或氯化鈣溶液以防止進(jìn)一步的氟吸收，并且注射葡萄糖酸鈣以補(bǔ)充血鈣。氟化氫在相比之下更加危險，因為它具有腐蝕性和揮發(fā)性，因此可通過吸入或皮膚吸收而進(jìn)入人體，造成氟中毒。葡萄糖酸鈣是常用的解毒劑。
有一些有機(jī)氟化物是劇毒的，包括部分有機(jī)磷酸酯如沙林(甲氟膦酸異丙酯) 和二異丙基氟磷酸。它們可在肌神經(jīng)接合點與膽堿酯酶反應(yīng)，并因此阻止神經(jīng)刺激向肌肉傳遞。左圖中，抑制劑中反應(yīng)性強(qiáng)的F-P鍵是絲氨酸活性中心殘基親核進(jìn)攻的位點，反應(yīng)后F-離子離去，酶則失活。
雖然聚四氟乙烯是化學(xué)惰性且無毒的，但在炊具溫度超過260 °C后就會變性，并且在350 °C以上分解。這些降解產(chǎn)物可能對鳥類是致命的，也有可能在人類中導(dǎo)致類似流感的癥狀。相比之下，脂肪、油和黃油在200 °C以上燒焦變質(zhì)，而對于肉則是在200-230 °C之間。
在一份1959年（在美國食品藥品監(jiān)督管理局通過食物加工器材使用之前）的研究中，表明使用普通油時，有涂層的鍋干熱時放出的煙較普通鍋放出的毒性要小。
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